【研究】縄文人ゲノム、現代日本人とは大きく異なる…古代北シベリア集団からの影響も

日本人類学会の機関誌Anthropological Scienceの「ヤポネシアゲノム特集号」に掲載された6論文のご紹介
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2021/04/research-highlights_ja/pr20210331.html

■ 概要
日本列島人（ヤポネシア人）の起源と形成を文理融合で研究する、文部科学省新学術領域研究「ヤポネシアゲノム」の特集号が、日本人類学会の機関誌であるAnthropological Scienceに刊行され、そこに6編の論文が掲載されました。今回はそれらをまとめてご報告します。これらの研究は、青山学院大学、国立遺伝学研究所、国立科学博物館、国立国際医療研究センター研究所、佐賀市教育委員会、東京大学、新潟医療福祉大学、北海道大学、山梨大学の研究グループ（所属機関名五十音順）の成果です。

※省略

● 研究成果
原著論文１：
３種類のデータセット（1642人の日本人のミトコンドリアDNAゲノム配列データ、ジェネシスヘルスケア社から提供をうけた47都道府県総計6万人のミトコンドリアDNAハプロタイプ頻度データ、およびヤポネシアとその周辺6集団（アイヌ人、オキナワ人、ヤマト人、韓国人、北方中国人、南方中国人）の19万カ所のゲノム規模SNPデータ）を解析した結果、どの結果も「うちなる二重構造」モデルを支持していました。

原著論文１の図： ミトコンドリアDNAデータからみた47都道府県の位置関係

原著論文２：
これまで確実に縄文時代のものと言える古代人ゲノムは、三貫地貝塚（福島県）と船泊遺跡（北海道）という東日本からの報告だけでしたが、本論文では、はじめて九州の縄文時代早期（8000年前）の東名遺跡出土の縄文人ゲノムを報告しました。その結果、東名の縄文人も現代日本人とは大きく異なり、東日本の縄文人や、弥生時代になっても縄文文化を継承していた人々のゲノムに類似することが分かりました。このことは、縄文時代を通じて、全国に遺伝的にはひとつのグループとしてまとめることができる集団（縄文人）が住んでいたことを示しています。

原著論文２の図： 東名・船泊・伊川津の３縄文系がまとまっている様子

原著論文３：
分子進化速度の推定は、ヤポネシアに渡来した系統の正しい分岐年代を得るために重要です。ハツカネズミを代表とする小型哺乳類のミトコンドリアDNA配列データと環境変動の情報から、過去1万年における進化速度がそれ以前よりもずっと高かったという以前の推定を確認しました。

原著論文３の図： ミトコンドリアDNA からみたハツカネズミ２亜種系統の移動経路と移動年代

原著論文４：
三国史記（紀元前1世紀から紀元後7世紀に朝鮮半島に鼎立した高句麗・新羅・百済の歴史書）に登場する地名のなかから、日本語で理解できる4種類（川、谷、山、城）の地理的分布を調べ、漢語・ツングース語・韓国語などの成分も区別し、各語ごとに異なるパターンが示されました。

総説論文１：
東アジアにおける現代・古代のヒトゲノムデータを概観するとともに、これらの再解析をおこないました。その結果、縄文時代人のゲノムが弱いながら古代北シベリア集団のゲノムからの影響を受けていたことを発見しました。

総説論文１の図： 現代人と古代人のゲノムを主成分分析で比較した結果

総説論文２：
ハイスループット配列解析技術が古代DNAの配列解析に適用されてから、古代DNA解析は古ゲノム学となりました。東ユーラシアにおける研究は、地理的・環境的条件から、西ユーラシアに比べて遅れをとっていました。しかし近年では、古代DNAを濃縮することができるキャプチャシーケンス技術が用いられ、古ゲノム学がさらに発展してきています。そこでこの総説では、古ゲノム学につながる古代DNA解析の歴史を紹介し、3つの配列解析の段階（部分的、ドラフト、完全ゲノム）とキャプチャシーケンス法の概要を説明し、東ユーラシアの古ゲノム学には高品質な配列解析が必要であることを論じました。

総説論文２の図： 三段階で示した古代DNAの量

● 今後の展望
新学術領域研究「ヤポネシアゲノム」は2018年度にはじまりました。5年計画ですので、2022年度末（2023年3月）まで、あと2年間あります。この3年間に多くの結果を生み出しましたが、残りの2年間のあいだに、6計画研究と20以上の公募研究が、さらに多くの結果を発表してゆきます。ご期待下さい。